Separador de perlas magnéticas para extracción de ADN: una guía práctica de selección

La mayor parte del enfoque en la extracción de ADN se centra en la química de las perlas magnéticas. Sin embargo, el separador que contiene los tubos también puede afectar a la recuperación, pureza y consistencia del operador.

El tiempo de captura y la consistencia de la zona de captura son factores de rendimiento importantes para un separador de perlas magnéticas que debe inmovilizar las perlas unidas al ADN de manera eficiente sin comprometer la posición de inmovilización predecible durante la aspiración. En el caso de una zona de captura débil, irregular y/o poco visible, las perlas pueden perderse con el sobrenadante o quedar suspendidas en un tampón de lavado.

¿Cómo funciona la extracción de ADN con perlas magnéticas?

La extracción de perlas magnéticas implica el uso de partículas paramagnéticas cuyas superficies se unen a los ácidos nucleicos bajo condiciones químicas bien definidas. Tras la lisis, las condiciones de unión adecuadas promueven la adsorción de ácidos nucleicos sobre las perlas magnéticas funcionalizadas.

El campo magnético ejerce una fuerza sobre las perlas, llevándolas al fondo o hacia la pared del recipiente de muestra. El sobrenadante puede entonces ser extraído pipeteando sin centrifugación. Antes de que el ADN sea eluído al tampón de elución, las sales, proteínas e inhibidores son eliminados por tampones de lavado.

El separador no participa en la unión química. El propósito de esto es inmovilizar de forma fiable las perlas durante los pasos de separación y eliminación de líquidos. El Rack magnético MSG de Longlight es un dispositivo de separación de tubos basado en imanes permanentes que separa ácidos nucleicos, proteínas y células.

¿Por qué es magnético-Campo ¿Diseño importante?

El rendimiento de un separador no puede determinarse únicamente por la intensidad del imán. La distancia entre el imán y la muestra, el gradiente del campo magnético, la geometría del tubo y las propiedades de las perlas afectan el comportamiento de captura.

Un buen campo concentrará las cuentas para formar un área pequeña y fácil de ver. Esto facilitará la eliminación del sobrenadante sin alterar el pellet al colocar las puntas de la pipeta.

Un patrón de captura demasiado agresivo o desigual puede resultar en grumos compactos de cuentas que no son fáciles de volver a suspender. Una configuración deficiente puede permitir que las cuentas permanezcan colgadas demasiado tiempo. El objetivo ideal es separar rápido, a fondo y de forma repetida sin complicar el proceso de mezcla posterior.

¿Qué son Algunos ¿Lugares donde se puede perder ADN?

La pérdida más frecuente de cuentas es cuando se retira y lava el sobrenadante. Si el pellet no es visible, la punta de la pipeta puede desplazarlo y/o succionarlo.

El problema con el líquido restante es diferente. La eliminación incompleta del tampón de lavado puede provocar la retención de etanol, sales u otros componentes, lo que puede afectar a las reacciones de PCR, ligadura o preparación de bibliotecas.

También es importante no secar demasiado el producto. Secar en exceso las perlas tras el lavado final puede dificultar su resuspensión y reducir la eficiencia de la elución. La zona de captura transparente guía al operador hacia la retirada correcta y el siguiente paso en el momento adecuado.

¿Cuál es el mejor ¿Enfrentamiento para formato y volumen de válvulas?

El separador debe contener los recipientes reales utilizados en el protocolo. Estos suelen ser tubos PCR, tiras de 8 tubos, placas de 96 pozos, tubos microcentrífugas de 1,5 mL o 2,0 mL y tubos cónicos más grandes.

La ubicación de un tubo dentro de un rack puede estar demasiado lejos del imán para otro formato. Una buena alineación es importante incluso cuando el tubo puede encajar físicamente, ya que una mala alineación puede causar más tiempo de separación o una ubicación incómoda de los globos.

El volumen de trabajo también es importante. La serie MSG de Longlight incluye una variedad de formatos de pequeño volumen que van desde muestras de microlitros hasta 2 mL en diversos recipientes de PCR y tubos estándar de microcentrífuga.

¿Qué es el Derecha ¿Cantidad de rendimiento que se puede tener?

Un laboratorio de investigación que trabaja con un puñado de muestras puede querer un pequeño bastidor que sea muy visible y con tubos fácilmente accesibles. El formato debe adaptarse al laboratorio de diagnóstico o secuenciación, al tamaño del lote y al protocolo de pipeteo multicanal.

No usar todas las posiciones no es necesariamente un problema, pero cuando se utiliza un protocolo de ocho tubos, pueden aparecer diferencias en el tiempo entre muestras cuando se aplica a un manejo individual. La captura predecible de las perlas en todas las posiciones es importante para un mayor rendimiento, donde también es importante un espaciado consistente entre los tubos.

El portafolio de preparación de muestras NGS de Longlight abarca separación magnética, cuantificación del ADN, fragmentación del ADN y electroforesis, proporcionando un flujo de trabajo más integrado para la preparación de muestras.

Lavado – Cómo ¿Se puede hacer?

Después de que las cuentas se hayan acumulado, coloca la punta de la pipeta en el otro lado respecto a la cuenta. Deja que el líquido se retire lo suficientemente despacio para no arrancar ninguna perla del imán.

Añadir el buffer de lavado especificado siguiendo el protocolo estandarizado. Dependiendo del flujo de trabajo, el lavado puede realizarse con el tubo en la rejilla o las cuentas deben ser completamente resuspendidas entre pasos de lavado.

El método debe indicar si las perlas deben dispersarse completamente en cada paso. Los contaminantes pueden quedar atrapados en grumos si la resuspensión no está completa, y pueden causar una mayor variación en el manejo de la muestra si la mezcla es excesivamente agresiva.

¿Cómo es el ADN? eluído ¿De las cuentas?

Una vez terminados los lavados y secado (controlados), retira el recipiente del soporte magnético. Añade el buffer de elución indicado y vuelve a suspender bien las cuentas.

La recuperación del ADN puede verse afectada por la temperatura, el volumen de elución, la mezcla y el tiempo de incubación. Cuando la elución ha terminado, se devuelve el tubo al soporte magnético y se espera hasta que las perlas estén completamente recuperadas y el sobrenadante esté limpio antes de transferir el sobrenadante que contiene el ADN.

La posición de elución del pellet es especialmente importante si se utiliza elución de bajo volumen. Un pellet compacto, que está más alejado de la zona de aspiración, resulta en la recuperación de más eluados, pero sin transferir las perlas.

¿Cómo puede Separador ¿Se puede medir el rendimiento?

Repite las extracciones con la misma muestra, la misma química de las perlas y la persona que realiza la extracción. Anota el tiempo necesario para la separación, la visibilidad de los pellets, la facilidad para retirar el sobrenadante y la facilidad para resuspender las cuentas.

Comprueba la cantidad y calidad del ADN, y también analiza la aplicación para la que pretendes usar el ADN. Incluso si una muestra tiene proporciones de absorbancia aceptables, puede contener una cantidad suficiente de inhibidor para afectar la preparación por PCR o la biblioteca de secuenciación.

Para múltiples tubos y placas, la consistencia entre posiciones es importante. Prueba más de un lugar de prueba, comparando los resultados cerca del centro y en los bordes.

¿Cuándo se necesita un separador biomagnético más grande?

Los bastidores de tubos pueden usarse para aplicaciones cotidianas de microlitros a mililitros. Puede ser necesaria la separación de cientos de mililitros o unos pocos litros de reactivos, bioprocesamiento o fabricación.

No es como si un imán más grande fuera a marcar la diferencia en ese orden de escala. El diámetro del recipiente, la mezcla, la distancia de recorrido de la perla, la uniformidad del campo y la monitorización del proceso son más importantes.

Longlight's Separadores biomagnéticos, modelo MSG-250/MSG-1000 son útiles para la ampliación de la separación de ácidos nucleicos, la purificación de proteínas y otros procesos por lotes.

Lista de comprobación para compradores.

Verifica lo siguiente: tipos de tubos soportados, rango de volumen de trabajo, cuántas posiciones hay y si es compatible con pipetas de un o de varios canales. Observa la ubicación de las perlas y si el pellet sigue siendo visible desde el ángulo normal de trabajo del operador.

Solicita "datos de separación" en formato de perlas y recipiente similar a tu protocolo. Además, considera las necesidades de limpieza, la resistencia química, la estabilidad del soporte y la facilidad de inserción y retirada del tubo sin movimientos bruscos.

Una familia de productos que incluya varios volúmenes puede facilitar la formación del personal de laboratorio y la transferencia de métodos para laboratorios que utilizan múltiples formatos de extracción. La separación magnética y otros son de Longlight soluciones generales de flujo de trabajo de laboratorio.

Conclusión

La precisión en la eliminación del líquido de lavado y la cantidad de material que se une al ADN que queda en el tubo están directamente influenciadas por el separador de perlas magnéticas para la extracción de ADN. Un pellet visible y una posición correcta del tubo ayudan a lograr una mayor recuperación y una mejor repetibilidad con la captura de perlas Uniforme.

El separador debe considerarse junto con la química de la perla, el volumen de muestras y la técnica de manipulación de líquidos. Los usuarios del laboratorio pueden enviar por correo electrónico el formato de tubo y el tamaño del lote y/o los requisitos de volumen de trabajo al Longlight Página de contacto Para emparejamiento de productos.

Preguntas frecuentes

Q1. ¿Un separador magnético une el ADN directamente o se une a alguna otra molécula que se une al ADN?

No. Las perlas están recubiertas con una química superficial que se une al ADN. El separador es capaz de retener estas perlas y extraer el líquido que las rodea.

Q2. ¿Hay un solo rack magnético para cada tipo de tubo?

Normalmente no. El volumen de trabajo y la geometría del tubo deben comprobarse, ya que el ajuste físico no significa necesariamente que se mantenga la distancia correcta al imán.

Q3. ¿Qué tiempo debería permitirse la separación magnética?

Depende de los atributos de las perlas, el volumen de la muestra, la viscosidad, la forma del tubo y el diseño del imán. Realiza el protocolo validado y espera hasta que el sobrenadante esté limpio.

P4. ¿Por qué están presentes las cuentas magnéticas en el eluato final?

Puede que haya alterado el pellet durante la aspiración o haya sido un tiempo de limpieza demasiado corto. Coloca cuidadosamente el tubo de nuevo en el imán y transfiere el sobrenadante otra vez.

Q5. ¿Es posible extraer ARN usando separadores magnéticos?

Sí, con una química adecuada de la perla de unión al ARN y un procedimiento de extracción. Aun así, debe realizarse el control de RNasa.